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虽然，我国不同的科研机构的研发项目管理体系不尽相同，存在的问题也多种多样，但是长期的事业单位管理体制，导致科研机构在研发项目管理中普遍存在下述问题：
1. 研发战略
* 缺乏明晰的战略定位及发展规划，没有明确的项目选择标准
* 缺乏市场需求分析和产品(研发项目)组合管理
* 重视产品开发，但是忽视研发平台构造
2. 流程管理
* 经验型管理，缺乏对业务流程的清晰定义，导致管理失控，或者效率降低
* 各部门各自为政，流程不能得到有效执行，有效的信息大量流失
* 流程不能根据业务发展需要调整，冗余环节多，效率低下
* 支撑业务流程不以研发工作为核心，对研发工作需求响应不及时
* 对项目计划不重视，计划制定时不够审慎，执行过程中变更频繁，不能发挥对工作的指导和评估作用，
* 缺乏对项目控制的系统思考，控制环节不全面，过程不系统
* 没有统一的项目术语定义，容易造成业务和管理混乱
* 没有进行项目阶段划分，或者没有明确各阶段的产出、考核标准和内容，没有确定项目各阶段中的关键决策点和决策点控制制度
* 缺乏过程中止管理，项目一旦开始往往很难中止
3. 项目组织模式
* 没有全过程的负责人，或负责人不能协调项目所需的人、财、物
* 在采用矩阵式项目组织模式时，部门经理和项目经理的职责划分不清，二者的工作缺乏协调机制
4. 人员管理
* 项目经理通常是技术人员，缺乏必要的项目管理知识和技能
* 一个项目经理带多个项目，精力不能满足项目需要，同时其他人员因缺乏晋升机会而积极性不高
* 项目组中缺少市场和销售人员，不能及时掌握市场动态和客户需求
* 绩效考核机制不能激励骨干技术人员
5.电子文档管理系统
* 没有知识管理机制或者知识管理系统，无法满足不同项目的科研人员间的知识共享需求，容易导致重复开发
* 缺乏知识产权管理概念和管理体系，尤其容易忽略项目过程中的知识产权管理
* 知识保密意识较差，知识泄密事件频频发生
6. 资金管理
* 项目预算不规范、不准确，不能作为项目控制的有效工具
* 过于追求技术的先进性，忽略研发成本
* 成本核算体系不能支撑项目核算需要，无法准确核算项目成本
* 缺乏阶段性成本控制制度，项目预算超支现象普遍
* 缺乏对项目组的财务绩效考核指标，项目组不重视成本控制
7. 项目绩效评价
* 缺乏绩效评价体系，或绩效评价体系不够科学和细致
* 绩效评价指标体系不能体现研发战略和价值观
* 绩效评价指标体系中缺乏经济指标
* 绩效评价指标体系中缺乏过程性指标
* 绩效评价指标体系中定量指标过少
* 绩效评价结果不能与研发项目组成员的绩效考核挂钩，不能反映其薪酬和职务变动
* 绩效评价结果不能反映到项目组织模式、管理控制办法、项目选择标准的调整中
上述问题，往往会导致科研机构的项目失败率过高、成果转化率过低、技术人员积极性不高、技术人员流失严重、研发成本居高不下等结果，甚至导致科研机构的破产倒闭。
