作为甲方，对项目的工程管理主要体现在投资、进度、质量、安全、文明施工、各单位的综合协调和各种社会关系处理上面。要做好这些工作，首先要建立一个高效的管理团队，配齐需要的各种管理人员。然后选择一套优秀的项目管理软件进行项目建设管理。
工程项目管理要求的7个核心业务处理模块：项目受理管理模块、评审论证管理模块、合同及经费管理模块、在研管理模块、验收管理模块、查询统计管理模块、项目综合评价管理模块。
1、项目申报受理管理模块
此模块用于项目单位通过互联网在线申报科技项目，并对项目首先进行系统自动形式审查。确认项目申报人上报的数据格式是否正确，内容是否完整;其次是项目申报人的归口科技部门(比如高校科研处、地市科技局)是否进行了资格审查并给出推荐意见;对项目申报人的资格和项目内容进行详细审查，确认是否正式受理该项目。如正式受理的项目进行项目受理库，未受理的项目由模块生成未受理通知，说明原因，并在30个工作日内通知项目申报单位，退回项目材料。
2、项目立项评估管理模块
此模块用于在评审标准确定的前提下，对项目进行多层次地评审，评审完毕后，系统会自动将专家们的评判结果汇总、排序，作为最终立项的重要参考，避免人情评审，客观公正，民主科学。项目评审所有结果记录在项目库中。科技管理部门依据这些结果，结合科技政策、产业政策，通过几个处室会审，厅统计汇总等工作程序，确定当年新列项目。立项项目进入在研项目管理，未立项项目继续放在项目备选库中。
3、合同及经费管理模块
此模块用于在项目评审结束并确定当年新列项目后，项目立项管理人员通过该模块向相应项目承担人分发通知，网上确认合同并进行签署。项目立项正式完成，项目进入项目库，进行执行期，每年项目经费划拨，同时每一个操作都作为证据保留在系统中。
4、项目在研管理模块
此模块用于项目管理人员对项目承担人实施的项目进度进行监控，以知晓项目进展情况，并确定其是否中途撤消或继续追加经费。根据需要可进行项目季度进展情况汇报、半年度进展情况汇报、年度进展情况汇报和实时汇报与监控。项目完成项目技术经济指标后，进行验收工作。
5、验收管理模块
项目完成技术经济指标后，项目承担单位准备材料，并向项目管理部门提出验收申请。由项目管理部门审核同意，组织专家进行验收。通过验收项目，研发形成的成果进入库。如项目超过合同执行时间半年以上者，由该模块形成合同到期项目清单，提醒项目管理人员了解项目情况，督促项目加快实施，完成合同规定经济技术指标。
6、多项查询与综合统计管理
此模块用于项目管理各个阶段、各级用户对所需要信息进行多因素查询。包括项目评审状态查询、计划编号查询、项目经费查询、项目验收情况查询、地区查询、行业查询;以及按项目类别查询;按专项类别查询;按经济类型查询;按单位类别查询;按技术领域查询;按专项类别查询：按产业领域查询;按单位类别查询;按项目状态查询：按成果形式查询;按研究领域查询;按创新性查询;按先进性查询;按分管处室查询。并根据查询结果，形成统计情况清单。
7、项目评估与决策支持管理模块
针对当前科技项目管理的情况，在借鉴国内外科技项目绩效考评经验和调研、咨询、分析研究的基础上，以下方法对科技项目进行绩效综合评价。
由财政资金安排的科技项目，按管理部门分类，可分为国家项目、部门项目和地方项目;从研究的目标出发，可分为战略性研究项目、自由探索性研究项目、公益性研究项目、条件建设项目和产业化项目等;从项目的科技活动性质分析，可分为基础研究项目、应用研究项目、试验与发展项目等;从研究内容的重要程度和经费需求的大小划分，可分为重大项目、重点项目和一般(面上)项目等等。
评价不同类型科技项目绩效的着重点不完全相同。
8、计划项目管理信息系统维护模块
由计划项目管理信息系统管理员保证科技计划项目管理信息系统正常运行、保证数据安全性。
